肛腸腔內超聲診斷儀在臨床實踐中具有廣泛而精準的應用場景，其核心價值體現在對肛門直腸區域微觀解剖與病理變化的高分辨率評估。首要適應癥為復雜性肛瘺的術前評估，包括原發內口定位、瘺管分支數量、走行路徑（經括約肌型、括約肌上型或括約肌外型）及與括約肌的關系。研究表明，EAUS對內口定位的準確率可達85%–92%，顯著優于MRI在某些淺表瘺管中的表現，且成本更低、操作更快捷。其次，在直腸癌局部 staging 中，EAUS是T分期（腫瘤浸潤深度）和N分期（區域淋巴結轉移）的金標準之一，尤其適用于距肛緣≤8 cm的低位直腸癌。其可清晰區分T1（局限于黏膜下層）、T2（侵犯固有肌層）與T3（穿透肌層達漿膜外），對T分期準確率約85%–90%，指導新輔助治療決策及手術方式選擇（如經肛局部切除 vs 根治性切除）。

此外，該設備在評估產后或醫源性肛門括約肌損傷中不可或缺。通過橫斷面成像可精確識別外括約肌（EAS）或內括約肌（IAS）的缺損位置、長度及纖維化程度，為大便失禁患者制定修復手術方案提供依據。在功能性便秘或排便障礙患者中，EAUS可動態觀察排便過程中括約肌協調性，輔助診斷盆底失弛緩綜合征。對于復發性肛周膿腫、直腸陰道瘺、直腸類癌及間質瘤等罕見病變，EAUS亦能提供關鍵解剖信息。操作流程通常包括：患者左側臥位，探頭涂耦合劑后輕柔插入肛管至病變區域，實時調整深度與角度獲取多平面圖像，必要時結合Valsalva動作或模擬排便觀察動態變化。療效評估方面，術后EAUS可用于監測瘺管愈合、括約肌修復完整性及腫瘤局部復發，具有重要隨訪價值。