清腸機的臨床應用主要集中于三大領域：術前腸道準備、功能性腸病輔助治療及特殊人群的便秘管理。在結直腸外科手術前，傳統口服聚乙二醇電解質散（PEG）常因口感差、腹脹明顯導致患者依從性低。研究表明，采用清腸機進行機械清洗可顯著縮短腸道準備時間（平均2–3小時 vs. 12–18小時），且清潔效果經Boston Bowel Preparation Scale（BBPS）評分驗證不低于口服方案（BBPS ≥7分占比達85%以上），尤其適用于老年、吞咽困難或腎功能不全患者。

對于慢性功能性便秘（Rome IV診斷標準）及腹瀉型腸易激綜合征（IBS-D），清腸機作為行為療法的補充，可通過清除腸腔內致敏物質（如膽汁酸、細菌代謝產物）減輕癥狀。一項納入120例患者的隨機對照試驗（RCT）顯示，每周2次、連續4周的結腸水療可使便秘患者每周自發排便次數從1.2次增至4.5次（p<0.01），且Wexner便秘評分下降≥50%的比例達68%。然而，療效維持時間有限，停療后3個月內復發率約40%，提示需結合飲食調整與益生菌干預。

此外，在重癥監護病房（ICU）中，清腸機被探索用于預防應激性潰瘍相關出血及改善危重患者腸內營養耐受性。但此類應用仍屬超說明書使用（off-label use），需嚴格評估禁忌癥（如腸梗阻、中毒性巨結腸、嚴重心衰）。操作流程通常包括：患者左側臥位→肛門指檢排除禁忌→插入導管深度10–15cm→設定水溫38℃、初始壓力20mmHg→逐步增加至個體耐受閾值→完成3–5個循環→記錄灌注總量與廢液性狀。療效評估除癥狀評分外，還可結合腹部X線平片（觀察糞便負荷）或結腸傳輸試驗（Sitz marker test）進行客觀量化。