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　　1、通過重復性rTMS和不同頻率的刺激，對大腦神經元和相關功能進行改善。這種通過改善電位對神經元進行調整的效果，是傳統的電刺激和其它物理方法無法實現的。

　　2、TMS引起皮質較廣泛的c-fos基因表達増加，近中線結構(紋狀體、丘腦、扣帶回、室旁核等)優為顯著，在果松體、視網膜及調節生物節律區，有更敏感的轉錄因子CREB磷酸化形式表達增加。TMS引起的這種效應更明顯。

　　3、MS可以通過不同的參數刺激，改變不同腦區的血流、代謝、興奮性及內分泌功能發揮治療作用。

　　4、高頻率、高強度rTMS可產生興奮性突觸后電位總和，導致刺激區神經異常興奮。低頻刺激則相反，低頻可抑制神經興奮，通過雙向調節大腦興奮與抑制功能之間的平衡來治療疾病。