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樣本處理：首先，操作人員將待測樣本裝入樣本架中，然后樣本處理系統會對樣本進行識別、分配、稀釋和混勻等操作，以確保樣本的準備工作完成。

自動分析：經過樣本處理后，樣本被送入分析系統。在分析系統內部，針對不同的生化指標，采用各種先進的檢測技術（如光學、電化學、免疫學等）進行測量和分析。例如，對于血液中的葡萄糖含量，可能會采用光學檢測技術；對于某些酶類物質，則可能采用酶標記法等。

試劑使用：根據需要，在分析過程中，試劑盒管理系統會自動識別并使用相應的試劑，確保在測試過程中能夠準確地添加適量的試劑。

數據處理與輸出：分析系統測得的數據會被傳輸到數據處理系統中進行處理和分析。最終結果可以通過顯示屏展示或者通過打印機輸出報告。同時，數據也會存儲在內部數據庫中，以便后續查詢和管理。

質控：在整個過程中，全自動生化分析儀會進行內部的質控程序，確保測試結果的準確性和可靠性。