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樣品處理：首先，樣品需要進行前處理。這可能包括樣品提取、純化和稀釋等步驟。全自動PCR分析系統通常配備了樣品處理模塊，可以自動完成這些步驟。用戶將樣品放入系統中，并根據實驗要求設置相關參數，系統會自動完成樣品的裝載、混合和處理。

PCR反應：在樣品處理完成后，進入PCR反應階段。系統內置了熱循環儀，能夠按照預設的PCR程序進行溫度變化和時間控制。在每個PCR周期中，系統會自動調節溫度來實現DNA的變性、引物結合和延伸等步驟，從而實現目標序列的擴增。這個過程通常涉及到多個溫度區間和多個周期。

實時熒光檢測：全自動PCR分析系統通常配備了實時熒光檢測技術。在PCR反應過程中，系統會定期采集PCR管或孔板中的熒光信號。它通常包括激發光源、熒光探測器和相應的濾光片。熒光染料與擴增產物結合后會發出熒光信號，系統通過熒光探測器將熒光信號轉化為數字信號進行記錄。

數據采集與分析：實時熒光檢測得到的數據會被系統內置的數據采集與分析模塊處理。它可以根據預設的閾值和曲線分析算法，自動計算擴增曲線、閾值周期、CT值等PCR分析相關參數。這個模塊通常具有數據存儲功能，并能生成結果報告。

控制與操作：全自動PCR分析系統配備了控制與操作系統，用于設置實驗參數、監控儀器運行狀態和處理數據。用戶可以通過觸摸屏或計算機界面進行操作，設置PCR程序、樣品信息和分析參數等。