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成像速度慢：MRI的成像過程通常需要較長時間，從10分鐘到45分鐘不等，這在急診情況下可能限制其應用。長時間的掃描要求患者保持靜止，對于病情較重或難以配合的患者來說較為困難。此外，盡管近年來出現了快速MRI技術，但在某些復雜的應用中，掃描時間仍然較長。

高昂的成本：MRI設備的購買和維護成本非常高，這不僅限制了其在資源有限地區的普及，也增加了患者的經濟負擔，尤其是在需要多次檢查的情況下。此外，MRI檢查費用相對較高，進一步加劇了醫療保健的高成本問題。

磁場不均勻性：磁場在遠離中心的位置變得不均勻，導致圖像在接近視野邊緣時出現扭曲。這種不均勻性尤其在低場MRI中更為明顯，影響了圖像質量。

偽影問題：MRI設備容易受到磁場不均勻性、金屬物體的存在或患者自身結構的影響，導致幾何或線性空間扭曲偽影。此外，非自愿運動和呼吸偽影也會降低圖像質量，影響檢查的可行性。

對金屬植入物敏感：MRI機器產生的強磁場可能對植入患者體內的金屬物體（如起搏器、金屬夾等）產生影響，甚至可能導致設備移位或功能障礙。因此，在進行MRI檢查前，必須詳細詢問患者的病史，并確保患者體內沒有金屬植入物。

視野范圍限制：MRI設備的最大視野為40-50厘米，這限制了設備能夠覆蓋的解剖區域。對于肥胖患者，由于其解剖區域較大，視野范圍受到進一步限制。

射頻場均勻性問題：超高場MRI需要使用更高頻率的電磁場用于自旋質子激勵，但難以在復雜介質內的大尺度空間產生均勻電磁場，造成圖像偽影，限制了其在臨床診斷中的應用。

SAR值控制：隨著射頻頻率的提高，表面吸收率（SAR值）升高成為射頻場的一個問題，可能導致組織局部的溫度升高，對受試者造成危害。因此，各國和國際組織對SAR值的限制非常嚴格。

技術復雜性：MRI設備的技術門檻極高，“磁體、射頻、梯度和譜儀”是制約磁共振成像設備的四大關鍵技術及核心部件。此外，MRI設備的設計和制造面臨著諸多挑戰，如磁場均勻性和力設計等。