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1. 按材料來源分類

同種生物瓣膜：使用人類自身的組織或器官制成，例如主動脈瓣、硬腦膜瓣等。這類瓣膜具有良好的生物相容性，但來源有限。

異種生物瓣膜：使用動物組織制成，常見的有豬主動脈瓣和牛心包瓣。這些瓣膜經過特殊處理（如脫細胞、戊二醛交聯）以減少免疫原性并提高耐久性。

2. 按結構設計分類

有支架生物瓣膜：包括外科瓣和介入瓣。外科瓣主要用于傳統的開胸手術，而介入瓣（如自擴張式介入瓣和球囊擴張式介入瓣）則用于微創手術。

無支架生物瓣膜：這種瓣膜設計上沒有明顯的支架結構，幾乎已經很少使用。

3. 按手術方式分類

外科生物瓣膜：用于傳統的開胸手術，常見的有牛心包瓣和豬主動脈瓣。

介入生物瓣膜：用于微創手術，包括自擴張式介入瓣和球囊擴張式介入瓣。

4. 按功能特點分類

傳統生物瓣膜：主要用于替換病變的瓣膜，具有良好的血流動力學性能和生物相容性。

組織工程瓣膜：這是一種新型的生物瓣膜，采用人工合成材料或脫細胞的同種/異種瓣膜作為支架，通過種植患者自體細胞來構建具有正常代謝功能的瓣膜。

5. 按應用部位分類

主動脈瓣生物瓣膜：用于替換病變的主動脈瓣。

二尖瓣生物瓣膜：用于替換病變的二尖瓣。

三尖瓣生物瓣膜：用于替換病變的三尖瓣。

肺動脈瓣生物瓣膜：用于替換病變的肺動脈瓣。